生物有机肥是一种新型肥料，也是一种可以替代化肥的绿色肥料，在未来有很大的发展空间。
在“基本标准的有机农业和食品加工”(IFOAM)关于生物有机肥的使用，其要点是“加强自然系统和生物循环利用，使足够数量的有机物回到土壤中，以维持和增加土壤有机质、土壤肥力和土壤生物活性”，“无机肥料只被视为营养循环的补充，而不是替代品”，“化学合成肥料和化学合成生长调节剂的使用须限制在不影响人类健康的环境和作物质量的不良后果以及作物产品中有毒物质残留物的积累”。
这些规定表明，在绿色食品的生产中，须注意保护良好的生态环境，须限制无机肥料的过度使用。生物有机肥(包括绿色肥料和微生物肥料)是生产绿色食品的主要肥料来源。使用生物有机肥有以下优点：生物有机肥中含有多种有益微生物.氨基酸.多肽.微生物的酶和抗生素。
生物有机肥可以减少碳氮，碳氮比过大，微生物分解速率慢，并消耗土壤中有效的氮。同时，它可以保证植物的病原体，改善土壤中的微生物环境和物理结构，提高植物自身的免疫力，提高作物的质量和储存和运输能力。
