一般来说，腐烂的有机肥料需要两个阶段，即一个高温堆肥腐熟发酵阶段和二个陈化阶段。在微生物的作用下，不稳定的有机物通过腐烂过程转化为稳定的腐殖质。它的温度变化可以定义是否腐烂。
先说一阶段:通过比例原料基质，肥堆被高氧吸收，产生高温，大量可降解挥发性固体，气味逐渐降低，肥堆颜色逐渐变化，需要保持良好的曝气和水分控制。
二次堆肥：气温初见下降，氧吸收率下降，气味完全消失。
与一次堆肥分解相比，没有二次堆肥是活不下去的，因为二次堆肥可以降解难以降解的有机物，重建嗜温微生物菌落，有助于有机肥分解，减少植物毒性物质，抑制病原菌。
温度上升阶段：有机肥腐熟温度上升至45℃，以放线菌、真菌和细菌为主，主要分解糖类和淀粉。甚至还有源生物和动物参与其中。
高温阶段：腐熟温度达45℃上述，嗜温微生物受到抑制，以嗜热为主。可溶性有机物质继续被氧化分解，复杂的有机物质(纤维素、半纤维素、蛋白质、木质素)也开始被分解。50℃大约60(嗜热真菌和放线菌);℃左右(嗜热细菌和放线细菌);70℃左右(大部分微生物已无法适应)。
好的腐熟温度是55℃，因为大多数微生物在这个温度下活跃，容易分解有机物、病菌、虫卵、杂草种子，大部分都会被杀死。
降温阶段:嗜温微生物再次开始大量繁殖，占据优势，进一步分解残留难以分解的有机物。此时微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量下降，温度下降，肥堆逐渐稳定。
