腐烂的有机肥一般需要两个阶段，即一个高温堆肥腐烂发酵阶段和二个老化阶段。不稳定的有机物通过腐烂过程和微生物的作用转化为稳定的腐殖质。它的温度变化可以决定它是否腐烂。
一阶段：通过原料基质的比例，肥料堆吸收高氧，产生高温，可降解挥发性固体，气味逐渐减少，肥料堆颜色逐渐变化，需要保持良好的曝气和水分控制。
二次堆肥：温度下降，氧气吸收率下降，气味完全消失。
与一次堆肥腐烂相比，没有二次堆肥是不可能的，因为二次堆肥可以降解难降解的有机物，重建嗜温微生物菌落，有助于有机肥腐烂，减少植物毒性物质，抑制病原体。
温升阶段:有机肥腐熟温升至45℃，主要以放线菌、真菌和细菌为主，主要分解糖和淀粉。甚至有动物和动物都参与其中。
高温阶段：腐熟温度达到45℃以上，嗜温微生物受到压制。可溶性有机物继续被氧化分解，复杂的有机物(纤维素、半纤维素、蛋白质和木质素)也开始分解。℃(嗜热真菌和放线菌);℃左右(嗜热菌和放线菌);70.℃左右(大多数微生物已不能适应)。
腐熟温度为55℃，这是因为大多数微生物在这个温度下活跃，容易分解有机物、细菌、虫卵、杂草种子大多会被杀死。
降温降低阶段：嗜温微生物开始大量繁殖，占重要地位，进一步分解残留难分解的有机物。此时，微生物活性下降，堆肥腐烂需氧量下降，温度下降，肥料堆逐渐稳定。
